Die Hochwasserlage in Südbayern erforderte ab dem 07. Juni 2013 einen weiteren Einsatz des THW Baiersdorf. Die Helfer waren im besonders betroffenen Stadtteil Fischerdorf der Stadt Deggendorf im Einsatz.
Am Samstagmorgen erreichte eine Anforderung der vor Ort eingesetzten Kräfte den Ortsverband Baiersdorf. Innerhalb kürzester Zeit, waren acht Helfer mit GKW I sowie dem MLW (Mercedes Benz Sprinter), beladen mit Pumpen und Notstromaggregaten, nach Deggendorf aufgebrochen. Schon am Vormittag konnte die erste Einsatzstelle übernommen werden. In einem Wohnhaus am Ortsrand musste das Wasser aus dem Keller abgepumpt werden. Im weiteren Tagesverlauf wurden weitere Keller, welche nicht mehr von Oberflächenwasser betroffen waren, durch das THW Baiersdorf leergepumpt. Immer wieder fielen auch technische Hilfeleistungen wie das Öffnen von versperrten Türen an.
Am Sonntag, wurden weitere Gebäude von den Wassermassen freigegeben, sodass auch dort Pumpen aus Baiersdorf zum Einsatz kamen. Auch aus Gärten und Senken, aus welchen das Wasser nicht abfließen konnte musste abgepumpt werden. Aber auch Bergungsarbeiten fielen an, so musste beispielsweise von einem Boot der Wasserwacht aus ein aufgeschwemmtes Kunststoffrohr, welches die Durchfahrt mit Booten und watfähigen LKW verhinderte, entfernt werden. Hierbei kam eine Motorsäge zum Einsatz. Aber auch die Tierwelt der Region war in großer Not, so mussten immer wieder, Tiere aus dem mit Heizöl verschmutzen Wasser gerettet werden. Nachts kam an der Einsatzstelle der Lichtmast des GKW I zum Einsatz.
Das Zurückweichen der Wassermassen ließ den Schwerpunkt am Montag auf das Räumen von Hindernissen fallen, so mussten beispielsweise Äste und Gestrüpp entfernt werden, um Wege für Fahrzeuge freizumachen. Aber auch an diesem Tag liefen die Baiersdorfer Pumpen um Wasser aus betroffenen Gebäuden zu pumpen. Außerdem besuchte Bundesinnenminister Hans-Peter Friedrich gemeinsam mit THW-Präsident Albrecht Broemme und dem Landesbeauftragten für Bayern Dr. Fritz-Helge Voß die Einsatzkräfte in Fischerdorf, er sprach auch mit den Baiersdorfer Helfern und bedankte sich für deren unermüdlichen Einsatz.
Am Dienstag war der Einsatz für das THW Baiersdorf beendet.